Manuel Contreras implementó todos sus conocimientos durante el golpe de estado del 11 de septiembre de 1973, controlando San Antonio en pocas horas. Días después, ya tenía implementado centros de detención repletos de prisioneros.
Inició la organización de la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA). El 12 de noviembre de 1973 la Junta de Gobierno lo designó oficialmente a cargo de este departamento.
Contreras ejerció el mando de la DINA durante toda su existencia, enfocándose hacia una persecución nacional e internacional en contra de los opositores políticos de la dictadura de Pinochet, particularmente a los miembros de los partidos Comunista y Socialista y del MIR.
Más de mil quinientas muertes se endosan a la DINA bajo la dirección de Contreras, según el informe de la Comisión Verdad y Reconciliación.
El 28 de febrero de 2005 Contreras ingresa la cárcel Cordillera para cumplir su condena de 12 años por el secuestro calificado del militante del MIR Miguel Ángel Sandoval.